۱- دکتر کاظم سامی، دبیرکل جاما در ۳۰ آبان ۶۸ در تهران بدست ماموران امنیتی در محل کار خویش و در برابر چشمان همسرش با ضربات چاقو به قتل رسید. (قابل توجه است محمود احمدی‌‌نژاد به مدت دو روز به عنوان مظنون در این پرونده در بازداشت به سر برد و پس از آن بدون برگزاری دادگاه آزاد شد.)
۲- دکتر تقی تفتی، همسر و دو فرزندش (سال۷۲) در خیابان پاسداران و در منزل مسکونی خود کشته شدند.
۳- علی اکبر سیرجانی (آذر ۷۳) نویسنده معروف و خالق ضحاک ماردوش در ۲۲ اسفند ۱۳۷۲ خورشیدی توسط وزارت اطلاعات بازداشت شد و در ۶ آذر ۷۳ در زندان اطلاعات (توحید) توسط شیاف پتاسیم به قتل رسید.
۴- شمس‌الدین امیرعلایی (مرداد ۷۳) همکار زنده‌یاد دکترمحمد مصدق و نخستین سفیر جمهوری اسلامی پس از انقلاب در فرانسه و از رهبران جبهه ملی ایران در اثر یک تصادف مشکوک به قتل رسید.
۵ و ۶- کشیش دیباج و کشیش میکائیلیان (مرداد ۷۳) پس از ربوده شدن به قتل رسیدند و جنازه قطعه قطعه شده آنها که در یک فریزر نگهداری می‌شد بعدها کشف شد. با ترتیب دادن یک نمایش امنیتی سه دختر عضو سازمان مجاهدین خلق مسئول این قتل‌ها اعلام شد!
۷- محمدتقی زهتابی (دی ۷۷) مورخ و زبان‌شناس.
8- معصومه مصدق (پاییز ۷۷) نوه دکتر مصدق، قاتلان در خانه وی دست‌هایش را بسته و شکنجه‌اش دادند. سپس پارچه‌ای به حلق او فروکرده و او را به قتل رساندند. چمدان وی و مدارک شخصی دکتر مصدق پس از قتل وی ناپدید شد.
۹- زهره ایزدی (۷۳) از دانشجویان پزشکی دانشگاه تهران بود. وی به علت دگراندیشی به قتل رسید.
۱۱- احمد میرعلایی (آبان ۷۴) در دوم آبان از منزل خارج شد و دیگر بازنگشت. جسد وی در یکی از کوچه‌های شهر اصفهان کشف شد.
12- اشرف‌السادات برقعی (اسفند۷۴) در خانه خود در قم به قتل رسید.
13 و ۱۴- مولوی عبدالملک ملازاده و مولوی جمشیدزهی (سال ۷۴) هر دو سنی مذهب و از متفکران اهل سنت بودند که در کراچی پاکستان کشته شدند. مولوی عبدالملک پیش از قتل در ایران زندانی بود.
۱۵ و ۱۶- ماموستا فاروق فرساد و ماموستا محمد ربیعی (سال ۷۴) هر دو سنی مذهب بودند. محمد ربیعی امام جمعه کرمانشاه بود که با تزریق آمپول هوا کشته شد. فاروق فرساد نیز در تبعیدگاه خود به همان روش به قتل رسید.
۱۷- دکتر احمد صیاد (بهمن ۷۴) از متفکران اهل سنت، پس از بازگشت از سفر در فرودگاه بندرعباس توسط دو تن دستگیر و چند روز بعد جسد وی در فلکه میناب این شهر کشف شد.
۱۸- دکتر عبدالعزیز مجد (۷۵) استاد دانشگاه زاهدان از پیروان مذهب تسنن بود. وی پس از سخنرانی انتقادی از مجموعه تلویزیونی امام علی ربوده شد. خودروی او در کنار اطلاعات استان و جنازه او در زاهدان کشف شد.
۱۹ تا ۲۴- جواد سنا (شهریور ۷۵)، جلال متین (مهر ۷۵)، زهرا افتخاری (آذر ۷۵)، سید محمود میدانی به همراه دو تن دیگر (فروردین ۷۶) همگی ساکن مشهد بودند و پس از خارج شدن از محل کار یا منزل به قتل رسیدند.
۲۵- کشیش محمد باقر یوسفی (روان‌بخش) (مهر ۷۵) در ساری به قتل رسید.
۲۶- غفار حسینی (آبان ۷۵) در آپارتمان خود در تهران کشته شد.
۲۷- سیامک سنجری (آبان ۷۵) وی در ۱۳ آبان در ۲۸ سالگی و در آستانه ازدواجش کشته شد.
۲۸- دکتر احمد تفضلی (دی ۷۵) محقق، نویسنده و استاد دانشگاه بود. وی در ۲۴ دی ماه در راه خانه ناپدید شد. جنازه وی همان شب در کنار اتومبیلش کشف شد. جمجمه‌اش شکسته و استخوان‌های پا و دستش از جا درآورده شده بود. وی پیگیر پرونده ترور “رضا مظلومان” بود.
۲۹ و ۳۰- منوچهر صانعی و فیروزه کلانتری (بهمن ۷۵). صانعی کارمندی که بر روی اسناد بنیاد مستضعفان کار می‌کرد به همراه همسرش در ۲۸ بهمن ربوده شدند.
۳۱- ابراهیم زال‌زاده (اسفند ۷۵) نویسنده و روزنامه‌نگار و ناشر در ۵ اسفند ماه ربوده شد و در فروردین ۷۶ به قتل رسید. سینه و پشت او را با ۱۵ ضربه چاقو پاره کرده بودند.
۳۲ و ۳۳- فرزینه مقصودلو و خواهرزاده‌اش شبنم حسینی (آبان ۷۵) با ضربات چاقو کشته شدند.
۳۴- پیروز دوانی (شهریور ۷۷) نویسنده و فعال سیاسی، هنوز اثری از وی به دست نیامده ولی دادگاه رسیدگی به پرونده قتل‌های زنجیره‌ای نام وی را نیز در پرونده ثبت کرده است.
۳۵ و ۳۶- حمید حاجی‌زاده و کارون پسر ۹ ساله‌اش در (شهریور ۷۷) وی در سی و یکم شهریور در سن ۴۷ سالگی به خاطر اشعار ملی که می‌سرود در حالی که پسرش را در آغوش داشت با ۲۷ ضربه چاقو به قتل رسید. به کارون نیز ۱۵ ضربه کارد وارد شده بود.
37 و 38- داریوش و پروانه فروهر (اول آذر ۷۷) دبیرکل حزب ملت ایران. این زوج فعال سیاسی ۱۸ و ۲۵ ضربه چاقو در منزل خود به قتل رسیدند. لوازم شخصی و مدارک آنان توسط وزارت اطلاعات برده شد.
39- محمد مختاری (آذر ۷۷) شاعر و نویسنده از فعالان کانون نویسندگان، پس از ربوده شدن با طناب خفه شد.
40- محمد جعفر پوینده (آذر ۷۷) مترجم و از فعالان کانون نویسندگان مانند محمد مختاری به قتل رسید.
41- احمد میرین صیاد (دی ۷۷) استاد دانشگاه.
42- حسین شاه‌جمالی (مرداد ۷۳) وی یک مسلمان مسیحی شده بود.
43- کشیش هاپیک هوسپیان (مرداد ۷۲) در کرج به قتل رسید.
44- شیخ محمد ضیایی (دی ۷۷) امام جمعه بندرعباس.
45- دکتر جمشید پرتوی (دی ۷۷) متخصص بیماری‌های قلبی و پزشک احمد خمینی بود. او در منزل خود در همسایگی منزل رییس جمهور به قتل رسید.
46 و 47- جواد امامی و سونیا آل‌یاسین (دی ۷۷)
48 و 49- مهندس کریم جلی و فاطمه امامی (دی ۷۷)
50- فاطمه قائم مقامی سرمهماندار هواپیما (زمستان ۷۶)
51- دکتر فلاح یزدی (زمستان ۷۷) پزشک آیت‌الله منتظری که در جلوی چشمان فرزندش به قتل رسید.
52- سعید قیدی از پرسنل نیروی هوایی، جنازه او که با ۳۰ ضربه چاقو به قتل رسیده بود در سعادت آباد پیدا شد.
53- حسین سرشار خواننده ایرانی به جرم خواندن تحریک‌آمیز “ای ایران ای مرز پرگهر” و دوستی با سعیدی سیرجانی دستگیر و مورد شکنجه قرار گرفت، به طوری که حافظه خود را از دست داد. وی را در آبادان رها کرده و در تصادفی ساختگی به قتل رسید.
54- خسرو بشارتی (پاییز ۶۹) جنازه وی در شهر کن کشف شد. او با شلیک گلوله‌ای به مغزش به قتل رسیده بود.
55- مهندس حسین برازنده (دی۷۳) پس از ترک جلسه قرآن در تاریخ ۱۲ دی ماه در شهر مشهد ربوده شد. جنازه وی سه روز بعد در خیابان فلسطین مشهد کشف شد.
قتل‌های زنجیره‌ای، به کشتار برخی از شخصیت‌های سیاسی و اجتماعیِ منتقد نظام جمهوری اسلامی در دههٔ هفتاد خورشیدی، در داخل و خارج از ایران، گفته می‌شود که به گفتهٔ برخی از منابع، با فتوای برخی از روحانیون بلندپایه و به دست پرسنل وزارت اطلاعات در زمان وزارت علی فلاحیان (وزیر اطلاعات دوران ریاست‌جمهوری هاشمی رفسنجانی) و قربانعلی دری نجف‌آبادی (اولین وزیر اطلاعات در دولت محمد خاتمی) انجام شد.
وزارت اطلاعات، طی اطلاعیه ای، عوامل قتل‌ها را شماری از پرسنل وزارت اطلاعات یعنی همکاران کج‌اندیش و خودسر-که آلت دست عوامل پنهان و مطامع بیگانگان شده‌اند-نامید. محمد خاتمی رئیس‌جمهور وقت، تیمی خارج از وزارت اطلاعات و بدون حضور وزیر وقت را مسئول رسیدگی به پرونده کرد. این تیم پس از یک ماه تحقیق، دست داشتن مقامات بلند پایهٔ وزارت اطلاعات در قتل‌ها را اعلام و عوامل را دستگیر کرد. دری نجف‌آبادی وزیر وقت اطلاعات، بلافاصله توسط خاتمی برکنار و علی یونسی جایگزین وی شد.
دادگاه قتل‌های زنجیره‌ای پس از توقیف مطبوعات در بهار ۷۹، دستگیر و زندانی کردن روزنامه‌نگاران پیگیر موضوع (اکبر گنجی و عمادالدین باقی) بدون حضور هیئت منصفه و در حالی که خانوادهٔ مقتولان در اعتراض به نحوهٔ رسیدگی در جلسات دادگاه، حضور نیافتند، با محکوم کردن عوامل وزارت اطلاعات به چند سال زندان، بسته شد. سعید امامی نیز که اعلام شده بود که متهم اصلی این پرونده است، به طرز مشکوکی در مدت بازداشت درگذشت.
گرچه در مجموع قتل‌ها در طول چندین سال، اتفاق افتاده، قربانیان این قتل‌ها بیش از ۸۰ نفر از نویسندگان، مترجمان، شاعران، کنش‌گرایان سیاسی و شهروندان عادی بودند که با روش‌های گوناگونی مانند تصادف خودرو، ضربات چاقو، تیراندازی در سرقت‌های مسلحانه و تزریق پتاسیم به منظور شبیه‌سازی حمله قلبی به قتل رسیدند. مجموعه این قتل‌ها، در پاییز و زمستان سال ۱۳۷۷ (۱۹۹۸ میلادی) و هنگام به قتل رسیدن داریوش فروهر، پروانه اسکندری و سه نویسندهٔ مخالف نظام، در عرض ۲ ماه به عنوان یک بحران جدی مطرح شدند.
بسیاری بر این باورند که قتل‌ها، به منظور ایجاد مانع برای تلاش محمد خاتمی و اصلاح‌طلبان و پشتیبانانش، برای ایجاد فضای باز سیاسی و فرهنگی و برقراری آزادی بیان در کشور صورت گرفته‌اند و افرادی که در این زمینه مقصر شناخته شده‌اند، خود قربانیانی بودند که از مقامات بالای نظام دستور می‌گرفتند. و طی سالهای متمادی در داخل وزارت اطلاعات، ساز و کاری رسمی تثبیت شده بود که هدف آن قتل مخفیانه و فراقانونی افرادی بود که این وزارتخانه، وجودشان را برای امنیت کشور مضر تشخیص می‌داد. با این وجود، بنیادگرایان یا جناح حاکم در کشور، که مخالف جدی دگراندیشان و اصلاح‌طلبان محسوب می‌شوند، عاملان قتل‌ها را «ابرقدرت‌های خارجی» و به‌خصوص اسرائیل دانستند که از آن جمله می‌توان به اولین واکنش سید علی خامنه‌ای در نماز جمعهٔ تهران، که قتل‌ها را به دشمنان خارجی منسوب کرد، اشاره کرد. پس از این گفته‌ها، فیلمی از چند نفر از دستگیرشدگان قتل‌های زنجیره‌ای برای مسئولان ارشد کشوری پخش شد که در آن حکایت از همکاری آنها با موساد، سیا و اف بی آی داشت، اما سپس با پخش شدن فیلم دیگری که نشان از شکنجه شدید این زندانیان برای اخذ اعترافات عجیب دارد، رسوایی دیگری برای دستگاه امنیتی جمهوری اسلامی به وجود آمد. همچنین، روزنامهٔ سلام در ۱۵ تیر ۱۳۷۸ نامه‌ای محرمانه از سعید امامی را منتشر ساخت که با ذکر نام یکی از افرادی که بعدا کشته شد، خواستار اعمال محدودیت بیشتر برای وی شده بود. روزنامهٔ سلام به دلیل انتشار این نامهٔ تعطیل گشت که این نیز منجر به وقایع هجده تیر ۱۳۷۸ و بحران دیگری برای حاکمیت جمهوری اسلامی شد.
مجموعه افشاگری‌ها که در روند قتل‌های زنجیره‌ای در دستگاه امنیتی جمهوری اسلامی رخ داد، منجر به این امر شد که هسته مرکزی قدرت کوشید در فرآیندی چندساله، سازمان اطلاعات سپاه را که مصون از ورود و نظارت دستگاه‌های انتخابی بود، در بسیاری از موارد جایگزین وزارت اطلاعات کند.
بیش از دو دهه پس از وقوع قتل‌های پاییز ۱۳۷۷ این موضوع، دوباره تازه شد. در سال ۱۳۹۸ اظهارات تازه مصطفی پورمحمدی و پاسخ محمد نیازی به او، دوباره این ماجرا را به صدر خبرها برد. پورمحمدی، بیست سال بعد از آن زمان مطرح کرد که آن افراد، خودسر نبوده‌اند، و سخنان او با واکنش محمد نیازی-که در آن دوره رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح بود-روبه‌رو شد.
به هر روی، به گفته مصطفی پورمحمدی، یکی از اعضای «هیئت مرگ (کمیته اعدام)» در قتل‌عام ۱۳۶۷، قتل‌های زنجیره‌ای خودسرانه نبوده؛ بلکه از درون نظام جمهوری اسلامی، انجام شده‌است. همچنین همهٔ متهمان، با وجود گرفتن حکم کیفری، آزاد می‌باشند.